Millilandaflug veldur töluverðri losun gróðurhúsalofttegunda og því hefur ESB sett upp viðskiptakerfi (ETS kerfið) þar sem flugrekendur greiða fyrir þá losun sem fylgir rekstrinum. Á Íslandi skila fyrirtækin losunarskýrslu til Umhverfisstofnunar sem sér um framkvæmd ETS kerfisins á Íslandi. Þátttakendur í ETS-kerfinu fá einhvern hluta losunarheimilda endurgjaldslaust en þurfa svo að kaupa það sem upp á vantar á markaði og gera grein fyrir því. Ef að fyrirtækið eykur losun sína, þá þarf það að kaupa fleiri heimildir. Ein losunarheimild jafngildir einu tonni af koldíoxíði.
Öllum þátttakendum í kerfinu er skylt að skila heimildum fyrir 30. apríl ár hvert. Ef ske kynni að flugrekandi gleymi sér og nái ekki að skila heimildunum innan tímamarka, eða hafi ekki keypt nógu mikið af losunarheimildum, þá ber Umhverfisstofnun að leggja stjórnvaldssekt á flugfélagið. Sektin skal samsvara 100 evrum í íslenskum krónum vegna hverrar losunarheimildar sem upp á vantar. Flugrekandinn greiðir þá stjórnvaldssektina og gerir upp losunarheimildirnar, sem skilar sér í meiri kostnaði fyrir fyrirtækið.