Góð leið til að vinna að því yfirmarkmiði Umhverfisstofnunar að vernda heilnæmt umhverfi er að nýta starfsleyfi fyrirtækja til að setja skýr skilyrði um mengunarvarnir. Í starfsleyfum er hægt að gera skilyrði sem snúa að margvíslegum umhverfisþáttum og geta tengst margþættu regluverki. Þannig er hægt að setja skilyrði til verndar vatns, lofts og jarðvegs, skilyrði sem stuðla að sjálfbærri nýtingu auðlinda með tilliti til meðhöndlunar úrgangs og svo framvegis. Starfsleyfi taka ávallt mið af því umhverfi sem starfsemin sem um ræðir er skipulögð í.
Útgáfa starfsleyfis er stjórnsýsluákvörðun og hana er hægt að kæra til Úrskurðarnefndar umhverfis- og auðlindamála. Umhverfisstofnun gaf út 16 starfsleyfi á árinu 2019 en útgáfa fimm þeirra var kærð til nefndarinnar. Í öllum tilfellum stóðust leyfin endurskoðun nefndarinnar. Árangurinn sýnir að verkferlar við gerð starfsleyfa eru að skila sér í vandaðri stjórnsýslu.