Umhverfisstofnun vinnur samkvæmt gæða- og umhverfisstjórnunarkerfi sem uppfyllir kröfur ISO 9001 og ISO 14001. Stofnunin er jafnframt með vottað jafnlaunakerfi ÍST85:2012. Eðli starfseminnar krefst faglegra vinnubragða og þess að verkferlar séu réttir og uppfærðir með reglubundnum hætti. Ávinningurinn af vottuðum kerfum er sú innbyggða krafa að farið sé yfir verklag og stefnur á markvissan hátt.
Til að viðhalda vottunum þarf stofnunin að geta sannreynt að kerfin séu virk. Það er gert með annars vegar innri úttektum og hins vegar með ytri úttektum. Úttektir eru nauðsynlegar til að þróa áfram og bæta verkferla sem eru grundvöllur faglegra vinnubragða. Innri úttekt 2019 leiddi engin alvarleg frávik í ljós sem er ánægjulegt en ýmsar gagnlegar athugasemdir komu fram sem nýttust vel til úrbóta. Starfsfólk stofnunarinnar þarf að fylgjast vel með lagabreytingum og tryggja að þær skili sér jafnóðum í uppfærðu verklagi.